[[Алаш қозғалысы]]ның көсемдерімен бірге [[1930]] жылы 16 қыркүйекте тұтқындалып, [[1932]] жылы сәуір айында үш жылға шартты түрде бас бостандығынан айырылды. Дегенмен, [[маусым]] айында түрмеден босатылып, [[Қазақ педагогика институты]]ның (''[[ҚазПИ|ҚазПИ-дің]]'') аға оқытушысы болып қызмет істейді. Осы жылдары ''[[театр]], [[драматургия]], [[мәдениет пен өнер]], [[әдебиет]], [[фольклор тарихы]], [[орыс әдебиеті]]нің'' классиктері туралы мақалалары үзбей жарияланып тұрады. [[Әуезов]] сценарийі бойынша ''«Райхан»'' көркем фильмі ([[1940]]) түсіріледі. [[1936]] жылы [[Мәскеу]]де өткен қазақ әдебиеті мен өнерінің онкүндігіне қатысады. Осы жылдары ''«[[Абай]]»'' романын жазуға кірісіп, оны [[1941]] жылы бітіреді. «[[Абай]]» романының жарық көруі ([[1942]]) Қазақстанның мәдени өміріндегі ерекше оқиға болды. [[1943]] жылы «[[Абай]]» романын талқылау үлкен науқанға айналады. [[1946]] жылы романның екінші кітабын жазып бітіріп, ол [[1947]] жылы жарық көреді. [[1950]] жылы роман-эпопеяның ''«[[Ақын аға]]»'' аталатын үшінші кітабы жарық көреді. [[1943]] жылдың қыркүйегінен бастап Қазақтың мемлекеттік университетінің ([[ҚазМУ|ҚазМУ-дің]]) қазақ әдебиеті кафедрасына [[профессор]] болып орналасып, өмірінің соңына дейін сонда дәріс оқыды. 2-дүниежүзілік соғыс жылдарында ''«[[Сын сағатта]]»'' ([[1941]]), ''«[[Намыс гвардиясы]]»'' (жазушы [[Әлжаппар Әбішев]]пен бірігіп, 1942), ''«Қынаптан қылыш»'' (1945) пьесалары мен ''«Абай»'' операсының либреттосын (1944), ''«Абай әндері»'' фильмінің сценарийін ([[1945]]) жазады. [[1946]] жылы [[Қазақстан Ғылым академиясы]] құрылғанда, оның толық мүшесі (''академик, №1 куәлік'') болып сайланады, [[филология]] ғылымдарының докторы, профессор атағы берілді.
[[1951—1954]] жылдары Әуезов саяси-идеологиялық тұрғыдан тағы да қыспаққа алынып, [[1953]] жылы [[сәуір]] айында [[Мәскеу]]ге жасырын аттанып кетуге мәжбүр болады. [[Мәскеу мемлекеттік университеті]]нде [[профессор]] болып орналасып, ''«[[КСРО халықтары әдебиетінің тарихы]]»'' деген арнайы курс бойынша дәріс берді. [[1954]] жылы [[Алматы]]ға қайтып оралып, ''«[[Абай жолы]]»'' роман-эпопеясын түпкілікті аяқтады.
