Микробиома (micro - "кішкентай", bios — "өмір") — белгілі бір тіршілік ету ортасын мекендейтін микроорганизмдер қауымдастығы немесе осындай қауымдастықтың микроорганизмдер гендерінің жиынтығы. Бұл термин көбінесе "микробиотаның" немесе "микрофлораның" синонимі ретінде қолданылады, алғаш рет 1952 жылы кәрізден ағып жатқан судың ластануы туралы мақалада қолданылған. Жеке организмдердің ұлпалары мен мүшелерінен бастап бүкіл тіршілік ету ортасына дейінгі барлық экожүйелер өздерінің микробтық қауымдастығына (микробиомына) ие. Микробиом ең маңызды экожүйелік процестерге қатысады, жергілікті масштабта хост метаболизміне және жаһандық деңгейде қоректік заттардың биогеохимиялық айналымына ықпал етеді.
