EC нөмірі


Фермент комиссиясының нөмірі (EC нөмірі) - ферменттердің сандық жіктелу схемасы, олар катализдейтін химиялық реакцияларға негізделген.[1] Ферменттердің номенклатурасы жүйесі ретінде әрбір EC нөмірі сәйкес фермент-катализделген реакция үшін ұсынылған атаумен байланысты.

EC сандары ферменттерді емес, фермент катализдейтін реакцияларды көрсетеді. Егер әртүрлі ферменттер (мысалы, әртүрлі организмдерден) бір реакцияны катализдейтін болса, онда олар бірдей ЭК нөмірін алады.[2] Сонымен қатар, конвергентті эволюция арқылы мүлдем басқа ақуыз қатпарлары бірдей реакцияны катализдей алады (оларды кейде гомологты емес изофункциялық ферменттер деп те атайды)[3] және сондықтан бірдей EC нөмірі тағайындалады. Керісінше, UniProt идентификаторлары ақуызды аминқышқылдарының реттілігі бойынша бірегей түрде анықтайды.[4]

Санның форматыӨңдеу

Әрбір ферменттің коды «EC» әріптерінен, содан кейін нүктелермен бөлінген төрт саннан тұрады. Бұл сандар ферменттің біртіндеп жақсырақ жіктелуін білдіреді. Алдын ала EC нөмірлері бар және төртінші (сериялық) санның бөлігі ретінде «n» болады (мысалы, EC 3.5.1.n3).[2]

Мысалы, трипептидті аминопептидазалардың «EC 3.4.11.4» коды бар, оның компоненттері келесі ферменттер топтарын көрсетеді:

  • EC 3 ферменттері гидролаза ферменттері (басқа молекуланы ыдырату үшін суды пайдаланатын ферменттер)
  • EC 3.4 - пептидтік байланыстарға әсер ететін гидролазалар
  • EC 3.4.11 - полипептидтен аминотерминалды амин қышқылын ажырататын гидролазалар
  • EC 3.4.11.4 - трипептидтен амин-терминал ұшын ажырататындар

Жоғарғы деңгейдегі кодтарӨңдеу

Жоғарғы деңгейдегі EC нөмірлері[5]
Сынып Реакция катализделген Типтік реакция Тривиальды аты бар фермент мысалдары.
EC 1
Оксидоредуктазалар
Тотығу /тотықсыздану реакциялары; Н және О атомдарының немесе электрондардың бір заттан екінші затқа ауысуы AH + B → A + BH(азайтылған)
A + O → AO (тотыққан)
Дегидрогеназа, оксидаза
EC 2
Трансферазалар
Функционалдық топтың бір заттан екінші затқа ауысуы. Топ метил-, ацил-, амино- немесе фосфатты топ болуы мүмкін AB + C → A + BC Трансаминаза, киназа
EC 3
Гидролазалар
Гидролиз арқылы субстраттан екі өнім түзілуі AB + H 2 O → AOH + BH Липаза, амилаза, пептидаза, фосфатаза
EC 4
Лиаздар
Субстраттардан топтарды гидролитикалық емес қосу немесе жою. CC, CN, CO немесе CS байланыстары үзілуі мүмкін RCOCOOH → RCOH + CO 2 немесе [X-A+BY] → [A=B + XY] Декарбоксилаза
EC 5
Изомеразалар
Молекула ішілік қайта құрылымдау, яғни изомерлену бір молекуланың ішінде өзгереді ABC → BCA Изомераза, мутаза
EC 6
Лигазалар
АТФ бір мезгілде ыдырауымен жаңа CO, CS, CN немесе CC байланыстарын синтездеу арқылы екі молекуланы біріктіріңіз. X + Y + ATP → XY + ADP + P i Синтетаза
EC 7
Транслоказалар
Иондардың немесе молекулалардың мембраналар арқылы қозғалысын немесе олардың мембраналар ішінде бөлінуін катализдейді Тасымалдаушы

Реакция ұқсастығыӨңдеу

Ферменттік реакциялар арасындағы ұқсастықты байланыс өзгерістері, реакция орталықтары немесе ішкі құрылым көрсеткіштері (бұрынғы EC-BLAST), қазір EMBL-EBI фермент порталы) арқылы есептеуге болады.[6]

ТарихӨңдеу

EC санау жүйесі дамығанға дейін ферменттер ерікті түрде аталды және қандай реакция катализделгені туралы аз немесе мүлде анықтама беретін ескі сары фермент және алма ферменті сияқты атаулар кең таралған. Бұл атаулардың көпшілігі қолданыстан шығып қалды, дегенмен кейбіреулері, әсіресе пепсин және папаин сияқты спецификалылығы өте төмен протеолитті ферменттер әлі де қолданылуда, өйткені специфика бойынша рационалды жіктеу өте қиын болды.

1950 жылдарға қарай хаосқа төзгісіз сипатқа ие болды және Гоффман-Остенгоф және Диксон мен Уэбб ферменттер катализдейтін реакцияларды классификациялаудың біршама ұқсас схемаларын ұсынғаннан кейін Брюссельдегі Халықаралық биохимия конгресі ферменттер жөніндегі комиссияны құрды. 1955 жылы Малкольм Диксонның төрағалығы. Бірінші нұсқасы 1961 жылы жарияланды және Ферменттік комиссия сол кезде таратылды, бірақ оның атауы EC нөмірі терминінде сақталады. 1992 жылы Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағы басып шығарған қазіргі алтыншы басылымда 3196 түрлі ферменттер бар. 1-4-қосымшалар 1993-1999 жж. Кейінгі қосымшалар Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағының номенклатуралық комитетінің сайтында электронды түрде жарияланды.[5] 2018 жылдың тамызында IUBMB транслоказалары бар жоғары деңгейлі EC 7 санатын қосу арқылы жүйені өзгертті.[7]

Сондай-ақ қараңызӨңдеу

  • EC нөмірлерінің тізімі
  • Ферменттердің тізімі
  • ТС нөмірі (мембраналық тасымалдау ақуыздарының классификациясы)

ДереккөздерӨңдеу

  1. {{{тақырыбы}}}. — ISBN 978-0-12-227164-9.
  2. a b ENZYME (Enzyme nomenclature database). ExPASy. Басты дереккөзінен мұрағатталған 21 наурыз 2019. Тексерілді, 24 сәуір 2019. Дереккөз қатесі: Invalid <ref> tag; name "expasy" defined multiple times with different content
  3. Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution. 
  4. UniProt: the Universal Protein knowledgebase. 
  5. a b Moss GP Recommendations of the Nomenclature Committee. International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse. Басты дереккөзінен мұрағатталған 10 қыркүйек 2018. Тексерілді, 14 наурыз 2006. Дереккөз қатесі: Invalid <ref> tag; name "moss" defined multiple times with different content
  6. "EC-BLAST: a tool to automatically search and compare enzyme reactions". Nature Methods 11 (2): 171–174. Feb 2014. doi:10.1038/nmeth.2803. PMC 4122987. PMID 24412978. 
  7. Tipton Enzyme Nomenclature News: Translocases (EC 7): A new EC Class. ExplorEnz: the primary source of the IUBMB enzyme list (August 2018). Басты дереккөзінен мұрағатталған 10 қыркүйек 2018. Тексерілді, 3 қараша 2018.

Сыртқы сілтемелерӨңдеу